La biodiversità ha anche, e soprattutto, un altissimo valore indiretto costituito dai servizi garantiti dalla funzionalità degli ecosistemi.

Le popolazioni naturali infatti, interagendo tra loro, formano ecosistemi che costituiscono il principale meccanismo di riciclo di aria, acqua e nutrienti indispensabili per la vita sulla terra. La biodiversità ci fornisce quindi una serie di servizi che assicurano che l'aria sia pulita e che l'acqua sia potabile.

Le foreste e gli oceani, ad esempio, assorbono i sottoprodotti delle attività agricole e industriali rallentando l'accumulo nell'atmosfera di biossido di carbonio e di altri gas responsabili dell'effetto serra e del cambiamento globale del clima sulla terra.

Fino a non molto tempo fa la presenza di questi ambienti naturali ha garantito una relativa stabilità del clima nel tempo permettendo l'evolversi della vita umana.

Nel futuro però la continua distruzione di foreste e l'inquinamento delle acque e dell'aria potrà compromettere questa capacità di 'stabilizzazione' del clima.

Una maggiore biodiversità garantisce inoltre una minor probabilità di estinzione per ciascuna specie in caso di episodi critici. Gli ambienti caratterizzati da maggior eterogeneità genetica risultano infatti meno vulnerabili a epidemie e ad eventi estremi quali siccità, gelate ed alluvioni.

Gli effetti della variazione della biodiversità risultano poi aggravati dal fatto che ogni specie, all'interno dell'ecosistema in cui vive, interagisce con le altre specie tramite relazioni di competizione, predazione, parassitismo. L'estinzione di una specie può, quindi, indirettamente alterare l'abbondanza di altre specie causando un ulteriore cambiamento nella composizione della comunità ecologica cui appartiene e aumentando la sua vulnerabilità a episodi critici.